5. Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998
6. Peristiwa Kerusuhan Mei 1998
7. Peristiwa Trisakti dan Semanggi I - II 1998-1999
8. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999.
BACA JUGA:IKAMUBA Lahat Doakan Jamaah Haji Selamat Sampai Tanah Air
9. Peristiwa Simpang KKA, Aceh 1999
10. Peristiwa Wasior, Papua 2001-2002
11. Peristiwa Wamena, Papua 2003
12. Peristiwa Jambo Keupok, Aceh 2003.
BACA JUGA:Bukit Asam (PTBA) Ubah Lahan Bekas Tambang Jadi Kebun Buah
Dari 12 jenis pelanggaran HAM berat ini, Aliansi Ulama dan Tokoh Jawa Timur keberatan memasukan gerakan G30 S/PKI sebagai pelanggaran HAM berat.
Menurut Aliansi Ulama dan Tokoh Jawa Timur, memasukan peristiwa G30 S/PKI dalam pelanggaran HAM berat, memiliki makna bahwa pemerintah pada waktu itu (TNI/ABRI) telah melakukan pelanggaran HAM berat, dan korbannya adalah anggota PKI.
Justru sebaliknyalah pada waktu itu, PKI melakukan pembunuhan terhadap 6 Jenderal dan beberapa perwira TNI/ABRI lainnya sebagai bagian dari pemberontakan.
Bahwa TNI/ABRI melakukan penumpasan terhadap PKI adalah menjadi tugas TNI/ABRI sebagai aparat pertahanan dan keamanan demi menyelamatkan Negara.
BACA JUGA:Ada Foto Anies Baswedan dan Bendera Indonesia di Museum Rasulullah Madinah
Sebaliknya, Aliansi Ulama dan Tokoh Jawa Timur mempertanyakan kinerja Tim Penyelesaian Non Yudisial Pelanggaran Hak Asasi Manusia (PPHAM) yang tidak memasukan peristiwa peristiwa yang masuk pelanggaran HAM berat.